我国微生物肥料产业已初具规模，但相对于农业可持续发展的要求，还有待进一步加大研发与推广的力度。业内专家、中国农业大学陈文新院士认为，目前我国过量施用化肥已到极限。以氮肥为例，我国的平均施用量是美国的近3倍、澳大利亚的8倍多，这造成了土壤结构被破坏、自然界生物多样性和生态系统稳定性降低等一系列严重问题。中国微生物学会农业微生物学专业委员会主任李俊博士指出，大力推广微生物肥配合化肥施用就是解决这一问题的方法之一。
微生物肥是一种以微生物生命活动及其产物导致农作物得到特定肥料效应的微生物活体制品，它在培肥地力、提高化肥利用率、抑制农作物对重金属及农药等有害物质的吸收、净化和修复土壤、促进农作物秸秆和城市垃圾的腐熟利用、提高农产品品质等方面有着不可替代的作用。
我国微生物肥料行业与其他国家相比，具有品种种类多、应用范围广的特点，尤其在研制开发应用微生物与有机营养物质、微生物与无机营养物质复合而成的新产品方面，处于领先地位。然而，由于我国长期在微生物肥料方面研究缺乏投入，使得我国的微生物肥料产业依然存在整体水平不高、技术创新不足、产品质量与应用效果表现欠稳定的问题。在农业可持续发展已成为人类共识的今天，这些问题成了微生物肥行业亟待打通的“瓶颈”。
据专家测算，我国微生物肥料的市场前景极为广阔。目前我国年产微生物肥只有化肥产量的1/200，如果这一比例达到3/100，就能取得减少50万吨化肥用量，增产粮食100亿公斤的直观效果。同时还能得到减少农民投入、减少环境污染、提高农产品品质等巨大的经济效益、社会效益和生态效益。
李俊乐观地表示，国家产业政策对微生物肥料行业给予的重视与支持正在稳步加大，一批有实力的企业正在积极向这一产业进军，5年之后，我国微生物肥料总产量可望达到1000万吨，成为肥料家族的重要成员之一，在农业生产中将会发挥更为重大的作用。