1、微生物肥料品种类型不断增加
PGPR是研究热点，根瘤菌肥料已经广泛应用于各类豆科作物和牧草。微生物肥料研制使用的微生物种类包括了细菌、真菌、放线菌；产品用途有溶磷、解钾、促生、防病、秸秆腐熟等各种类型，PGPR具有营养、促生、防病、降解土壤污染物的多项功能。是当前微生物肥料研究的热点。发达国家重点致力于筛选和利用生物技术构建高效PGPR菌株，研制由PGPR功能的新的新型微生物肥料。
2、加强微生物肥料应用基础研究
微生物肥料的作用受许多条件制约。研究这些制约条件诸如微生物和宿主之间的关系品种转性和广谱性的机制，肥料微生物进入土壤后发挥作用的环境条件和制约因素等，对微生物肥料发挥效果十分重要。随着微生物肥料应用领域的不断扩大，应用基础研究显得越来越重要。
3、生物技术在菌株筛选中发挥重要作用
利用分子生物技术，对肥料微生物资源进行遗传形状分析、基因克隆、利用基因工程技术改良和构建高效功能君主，在发达国家研究有很大发展。
4、发展微生物肥料新剂型
改善生产条件和工艺，构建多功能组合菌群料，微生物肥料的剂型除草炭载体粉剂外，还研制液体剂型、冻干剂型、矿油封面剂型、颗粒剂型等，以适应不同条件。提高接种效果的营养添加剂技术也不断发展。研制多功能菌株联合微生物肥料是一个重要发展趋势，如“根瘤菌+PGPR”复合菌肥。联合菌群的应用是一个比较复杂的问题，在深入了解有关微生物特性的基础上，利用载体、剂型、工艺等多个技术手段，巧妙组合，使联合菌群发挥互惠、协同作用。
5、加强产品质量检测技术研究
近10年来，分子生物学技术为微生物肥料质检提供了先进，可靠的手段。RFLP技术可把根瘤菌肥中同一血清组菌株严格区分出来；PCR技术和遗传基因标记技术是近几年发展得更为先进的快速、准确技术。微生物肥料是一种容易造假和失效的肥料产品，许多国家都建立了自己的行业或国家标准，以及相应产品质量检查监督机构。