危害之一：削弱庄稼生产能力
庄稼就和人一样，吃得太饱不仅不利于成长，反而会不利于健康。据全国测土配方施肥专家组组长、中国农业大学资源与环境学院院长张福锁教授介绍，施肥过量对庄稼造成危害的结果主要有两个：一个是容易倒伏，导致粮食减产；另一个是容易发生病虫害，氮肥施用过多，会使庄稼抗病虫能力减弱，易遭病虫侵染，继而增加农药用量，直接威胁了食品安全。
我国是一个农业大国，每年生产和消费的化肥量超过4500万吨，而全国氮肥利用率仅有30%左右。其实，庄稼需要在不同阶段供给不同量的养分，传统的施肥方法就是在播种之前把整个生育期的肥料全施下去，在这最初的四五个月里，庄稼能吸收利用的肥料养分较少，因此会有大部分损失浪费，而在庄稼生长高峰期时，化肥又不能满足庄稼生长需要，限制粮食产量的提高。
危害之二：加剧环境污染
专家曾做过这样的调查：大气里面随着降雨、沙尘暴等自然现象降下来的氮素，1公顷可以达到80公斤，而高产小麦1公顷才需要160-180公斤氮素。也就是说种在土地中的小麦仅从大气中就获得近一半的养分，如果人们无视这部分养分的作用，仍旧按照以前的肥料用量施肥，就会造成施肥过量。过多施用的肥料量超过土壤的保持能力时，就会流入周围的水中，形成农业面源污染、造成水体富营养化，导致藻类滋生，继而破坏水环境。据统计，中国每年因不合理施肥造成1000多万吨的氮素流失到农田之外，直接经济损失约300亿元。
危害之三：浪费大量紧缺资源
氮、磷、钾是庄稼所需营养的“三要素”。氮肥生产中通过高温高压，消耗大量能源把大气中的氮气转化成能够被植物利用的氮。过去生产氮肥主要以石油为原料，现在靠天然气和煤。这些能源都是我国的紧缺资源。这也正是化肥生产成本居高不下的主要原因之一。 2004年，我国化肥生产消耗了大约1亿吨标准煤，超过国家能源消耗比重的5%；此外，化肥生产每年消耗的高品位磷矿石超过了1亿吨，而磷矿石已经列入国土资源部2010年后紧缺资源之列；化肥生产还消耗了我国72%的硫资源。
如果能够把浪费掉的化肥节省下来，就会缓解我国的能源紧缺状况。据专家推算，如果能把发达地区1/3农户过量施用的化肥节省下来，补给化肥施用量不足的地区，将会使全国粮食生产在不增加肥料施用总量的条件下增加更多的产量。如果把发达地区过量施用的肥量减低30%，同时使绝大多数农民朋友做到合理施肥，既不影响庄稼生长，又节省能源、保护环境、减少农民负担。可见，全面推广科学施肥技术具有极大的社会、经济和生态效益。