有机肥的施用可显著改变土壤的pH状况，土壤的pH值均呈下降的趋势。肥际微域土壤pH值的变化的幅度较小，而非肥际区域土壤pH值的变化幅度较大。表明有机肥施入土壤后，可分解形成大量的有机酸化合物，并且这些有机酸在肥际微域和非肥际区域土壤中存在明显的迁移。肥际微域土壤对pH值的变化具有显著的缓冲作用。不同有机肥对土壤pH值的动态变化的影响不同，秸秆和牛类处理pH值的变化始终保持肥际微域土壤高于非肥际区域土壤。施用鸡类处理，肥际微域和非肥际微域后期则无显著差异，而施用树叶的处理，后期肥际微域土壤的pH值则显著低于非肥际土壤。
有机肥的施用显著地提高了肥际微域土壤和非肥际土壤中团聚体总量，有机肥时肥际微域土壤团聚体的改善作用显著大于非肥际土攘。其中树叶和牛类对肥际微域土壤团聚体提高的幅度较大，而秸秆和鸡粪提高的幅度相对较小。有机肥也显著提高了肥际微域土壤和非肥际区域土壤>0.01mm的微团聚体数量，而且肥际微域土壤>0.01mm的微团聚体提高的幅度大于非肥际土壤。但不同有机肥的肥际内外微团聚体变化的差异程度不同，牛粪的处理肥际微域与非肥际之间微团聚体的百分含量的差异较小。
有机肥际微域土壤中，硝态氮在自然条件下存在着由肥际微域向非肥际区域的迁移。同时，有机肥可抑制峭态氮在肥际微域土壤中的积累，因而使土壤有机肥际微域环境中，铵态氮的含量显著降低。有机肥提高了肥际微域土攘和非肥际区域土壤中N、P、K的有效性，但对肥际微域土壤养分的影响显著大于非肥际土壤.后期土壤肥际与非肥际的N、P、K含量差异减小.从施用不同有机肥的处理来看，桔杆时N、K的效果较显著，施用牛粪对P较好。
施用有机肥料可以不同程度的提高肥际微域土壤和非微域土壤的微生物量，但肥际微域土壤中微生物量大于非肥际土壤。不同种类的有机肥料对土壤微生物量的影响也不尽相同，秸秆可迅速地大幅度提高土壤的微生物量，而且后期也使肥际微域土壤的微生物量增加。施用有机肥不同程度的提高了肥际微域土壤的生物酶(过氧化氢酶、服酶、转化酶、纤维素酶和磷酸酶)活性。
有机肥能够提高肥际微域土壤有机质的含量，同时，使非肥际土壤的有机质含量降低，说明有机肥对土壤有机质的更新和改善作用主要发生于肥际微域土壤中。就不同有机肥时肥际微域土壤改善的作用而言，施用玉米桔杆的处理较好，其次是树叶，而牛类和鸡类对微域土壤有机质的提高作用略逊于二者。
有机肥施在根系区域内，根际土壤中硝态N、速效N、P、K的含量与肥际土壤中养分的变化一致，但低于肥际土壤，说明根系对养分有吸收作用，而且土壤中、微量元素由根际土壤向非根际土壤迁移。根系区域内施用有机肥，根际土壤的微生物活性与肥际土壤的变化趋势一致，但根际土壤微生物活性变化幅度较大。