在江苏科邦生态肥有限公司成立之初，化肥产业是公司两大股东红太阳集团和香港长江生命科技集团的边缘产业。而发展至今，化肥产业已经成为两大股东的核心产业。以红太阳集团为例，肥料的盈利占集团全年销售额的40%，在集团2013年和“十二五”规划中明确指出化肥产业是集团的主产业。
两大股东就如何发挥各自的资源、技术优势，做强做大科邦公司达成高度一致：香港长江生命科技集团有世界上一流的微生物实验室、一流的人才和雄厚的资本，它提供技术和资本化运作的支持；红太阳集团自上世纪90年代进入中国市场，拥有丰富的经营经验。同时拥有完善的网络资源，它提供销售渠道和管理方面的支持。
两大股东的合作决策之一是在技术改良方面投入超过800万元的资金，取得了多项成果，现在公司的主打产品“三维全效”系列化肥中的活性菌就是成果之一。在经过几年的研究和试验之后，科邦公司的技术部门解决了活性菌抗高盐、抗高温这个世界性的难题，并将其加入复混肥中，目前这项技术同时在美国和中国申请专利。
除去技术方面，两大股东也在公司经营方面做出重大举措：从去年开始，之前分开运作的江苏科邦公司和马鞍山科邦公司被整合到一起，科邦真正意义上实现了从研发到生产、到销售的一体化，具备了一个完整的产业链，有研发团队、生产团队、销售团队。此外，两大股东还决定对生产线进行调整，以前科邦公司只有一条生产线，公司只能生产黑颗粒，生态型复混肥靠OEM厂加工。这样出现许多问题，包括产品质量问题、货源供应问题等，加上去年7月开通的三维全效的生产线，如今科邦能从四条生产线上控制产品质量。最后，两大股东还对科邦的产品结构进行调整，之前科邦产品很单一，只有佳多利和生态型复混肥，但是现在拥有80多个配方，能生产普通复合肥、有机-无机复混肥、生物有机肥、高端的三维全效肥，产品结构更加合理。